(1805-1939)
La prison de Pontaniou, terminée en 1810, est tout d’abord une prison maritime, c’est-à-dire que les détenus sont sous le coup d’une décision de tribunal militaire : il peut s’agir de marins, d’ouvriers et d’employés civils ayant commis un délit dans l’enceinte de l’arsenal.
Généralement les détenus ne restent pas très longtemps à Pontaniou, les condamnés à de longues peines sont transférés dans des lieux dédiés (colonies pénitentiaires, navires-prisons…).
En 1935, un incendie éclate sur le toit alors en réfection. Les plans de sa reconstruction ne conservent pas sa spécificité de toit à 4 pans et donnent son aspect actuel à l’édifice.