(1939-1945)
Les allemands entrent dans Brest le 19 juin 1940.
La prison de Pontaniou est utilisée par l’occupant pour enfermer des opposants politiques et des résistants. Certains sont envoyés vers d’autres lieux de détention (prisons, camps, en France ou en Allemagne) mais d’autres sont fusillés à Brest.
C’est notamment le cas des résistants des réseaux de Saint-Pol de Léon : 18 d’entre eux sont arrêtés en juin 1944, enfermés à Pontaniou en juillet, puis sont déportés ou tués.
D’autres exécutions de prisonniers de Pontaniou ont lieu jusqu’en août 1944, alors que les allemands constatent l’avancée des alliés.
En juillet 1941, la prison civile du Bouguen, éventrée par des bombardements anglais, devient inutilisable et les détenus doivent alors être transférés à Pontaniou.
Brest est libérée par les alliés le 19 septembre 1944, après 1 mois et demi de siège.